Интересен факт е ,че основите на резиденцията на Григорий Бакуриани се намират съвсем наблизо до съвременния манастир. Крепостта Воден която в последните години се проучва от археолози, тепърва ще ни изненадва. Макар не документирано, вероятно началото на манастира е свързано точно с крепостта Воден и фамилията Бакуриани.
От житието на светците знаем, че Юлита произхождала от гр. Икония
в Мала Азия и живяла по времето на император Диоклетиан. За да избегне
гоненията срещу християните, тя избягала заедно с тригодишния си син Кирик
в киликийския град Тарс. Но и там не намерили спасение, тъй като владете-
лят Александър ги подложил на мъчения, за да се отрекат от християнската
вяра. Докато искал да помогне на майка си, синът бил смъртоносно ранен в
главата, а след това и Юлита била обезглавена. Православната църква слави
паметта на мъчениците на 15 юли.
Горноводенският манастир Св. св. Кирик и Юлита съществува още от средновековието, като многократно е бил разрушаван и опожаряван. В една преписка от поп Методий Драгинов се споменава че по време на помохамеданчването на чепинските българи през 1657г. манастира отново е разрушен. Не е ясен и патрона на манастира, тъй като той е посветен на светците Кирик и Юлита (майка и син), а главната църква е посветена на св. Параскева. Смята се, че на това място са съществували два манастира, откъдето идва и смесването на култовете. Първият манастир е бил издигнат до аязмо, а на 500 м. от него е бил издигнат днешния манастирски комплекс. През 1810г. и двата манастира били опожарени от кърджалиите.
През 1816г. започва възстановяването на Горноводенския манастир, което завършва през 1835г. Най-старата сграда от днешния манастирски комплекс е покритото с купол аязмо построено през 1808г. Между 1835 и 1838г. били изградени основните манастирски корпуси, а в 1850г. бил завършен и параклиса "Св.св. Кирик и Юлита" до аязмото.
От средата на 19в. Горноводенският манастир става гръцки и едва през 1930г. става отново български. Манастирът пострадва сериозно при пожар през 1924г. и при Чирпанското земетресение през 1928г.
През 20-те и 30-те години на ХХв. в Горноводенския манастир функционира богословско училище, а в годините 1943-1944г. е превърнат в концлагер. След 9 сеп. 1944г. светата обител запустява, а след това е превърнат в Дом за душевноболни.
През 1981г. Съюза на архитектите в България получава разрешение да реставрира Горноводенския манастир и да го адаптира за светски нужди.
В момента манастира действащ женски .