Манастирът "Св.Троица" бил съграден от монаси от Бачковския манастир през 11 в. Когато Григорий Бакуриани основал Бачковския манастир, записал в устава, че семейни люде не могат да живеят в него. Ето защо многобройните служители и подчинени се заселили в селището Иверце, близо до Кръстова гора.
И докато Бачковският манастир бил център на религиозен и книжовен живот, около Иверце се разраснало голямо стопанство, което хранело манастира и неговите поклонници. Тук имало мандри, жилищни постройки и църквата "Св.Троица". Заедно с ратаите и слугите на Кръстов връх по-късно били изпратени монаси и послушници, които съградили манастира "Св.Троица" като метох на Бачковския манастир. Известен още като Троицкия.
Монасите измолили от игумена на Бачковския манастир да им даде една от чудотворните икони с парченце от Хръста Господен, които Григорий Бакуриани бил донесъл. До завладяването на Родопите от Османската империя манастирът благоденствал. Краят на 15 в. бил отбелязан с жестоки насилия в Средните Родопи. Разрушен бил Бачковския манастир, а също и манастирът "Св.Троица". Неговите 300 монаси били посечени, защото отказали да станат мюсюлмани. Преди това успели да скрият чидотворната икона и ковчежето с Кръста Господен.
През 17 в. околните манастири били възстановени, но "Св.Троица" - не. Едва през 1933 г. на Кръстов връх бил поставен голям кръст като знак, че там има частица от Кръста Господен. На 1 май 1936 г. бил поставен бронзов кръст, дарен от цар Борис III. През 1956 г. на мястото съградили малката църквичка "Св.Троица". До 1989 г. достъпът до тези места бил забранен, тъй като били част от правителствена резиденция. От 1989 г. достъпът е свободен. На мястото на дарения от цар Борис III бронзов кръст на Кръстовия връх е сложен нов кръст, тежък 99 кг, изработен от неръждаема стомана. До кръста се стига по пътека, около която има 12 параклиса, посветени от 12-те апостоли.