Според преданието Белочерковският манастир възникнал през XI в, когато бил основан и Бачковският манастир. Останките от олтарната апсида на старата църква, запазена и до днес, говорят красноречиво за неговата старинност. Първоначално манастирът е бил посветен на св. св. безсребреници Кузма и Дамян (Св. Врачове), но след Освобождението негови патрони стават апостолите Петър и Павел. Манастирът „Св. Врач“ е бил опожарен при завладяването на тези земи от османлиите, след което е бил възстановен. Някога бил и един от най-богатите в Родопите.
В средата на ХVІІ век, когато мюсюлманският фанатизъм залива Родопите, заедно с другите манастири и Белочерковският е бил съсипан и разрушен от ордите на великия везир Мехмед Кюпрюлю. Това станало през 1657 г. при помохамеданчването на населението в Чепинското корито. Сведения за тези събития са открити в една летописна приписка в требник, написана от поп Методий Драгинов от с. Корова (дн. Драгиново, Велинградко) в края на XVII в. В ръкописа се съобщава, че от Костенец до Асеновград са били разрушени 218 църкви и 33 манастира. В планината около Бяла черква е имало множество български манастири, за съжаление отдавна превърнати в развалини. До наши дни е съхранен спомен за следните обители: в района на местността „Бяла черква“ - „Св. Врачове“ и „Св.св. Петър и Павел“; в местноститте около родопското село Лилково - „Св. Спас“, „Св. Илия“ и „Св. Георги“; в близост до с. Шейтаново – манастирите „Св. Атанасий“, „Св. Йоан Предтеча“ и „Св. Илия“; недалеч от Нареченски бани - „Св. Троица“, „Св. Георги“, „Св. Никола“, „Св. Дух“ и др. Всички те, според преданието, образували Станимашката (Родопската) „Мала Света гора“. От тези многобройни родопски манастири само Белочерковският останал да съществува през вековете, сред красивата местност в сърцето на Родопите. Старинната му черква от незапомнени времена се белеела сред вечно зелените борови гори, с което дала името на цялата околна местност.
След разоряването на обителта през XVII в. на святото място не е имало нищо, чак до 1812 г., когато манастирската черква е възстановена от юговски майстори, върху основите на стария храм. Новата черква също е изградена от бял камък, така че продължавала да блести надалеч. Няколко десетилетия след възстановяването на черквата, през 1882/1883 г. върху развалините на старите манастирски сгради юговските майстори въздигат днешния манастир, но вече с името „Св. Св. апостоли Петър и Павел“.В миналото, на Петровден, когато е храмовият празник, в манастира се провеждал голям събор. Според преданията на този събор идвал и родопският феодал Тъмръшлията Ахмед Ага. Към 1882 г. той подарил на манастира едно стадо овце от 300 брава, защото се убедил, че няма да го закачат. Тогава се е състояла среща с пловдивските големци и владиката. Твърди се, че на празника идвал и Захари Стоянов, който се срещал с Тъмръшлията Ахмед Ага. Говори се още, че този манастир в старо време е бил резиденция на Бачковския манастир. В двора му наистина е построена резиденция (вила) на българския патриарх.
През 2002 г. стихиен пожар унищожава напълно жилищните и помощни сгради и оцелява само черквата. Впоследствие е възстановено северното крило.
Белочерковския манастир е част от Асеновградската Света гора. Заедно с Мулдавски, Араповския, Горноводенския ,Кукленския и Белащенския те образуват една сателитна на Бачковската Света Обител манастирска общност, просъществувала през вековете.
