Късноантична и средновековна крепост Патмос се намира над устието на река Боровица при вливането и в река Арда. Твърдината е разположена на характерен платовиден връх, доминиращ над околния терен. От изток и юг платото завършва с отвесни скали. От североизток под върха тече река Боровица, а от юг- река Арда. Северно в подножието на крепостта се разкриват останки, които могат да се определят или като странноприемница или като преден стражеви пост. Крепостната стена огражда върха изцяло от запад и север. Тя е изградена от обработен камък, споен с бял хоросан. По трасето на северната стена са запазени три до четири реда на външното лице от оформени блокчета. Северната леснодостъпна стена е подсилена от две кули. Източната кула е трапецовидна . Към нея е водил вход , който по- късно е бил зазидан. Западната кула е с неправилна подковообразна форма. Тя излиза пред външната страна на стената. Вътрешността ѝ представлява квадратно помещение. След втората кула стената прави лека чупка на юг и под формата на дъга продължава без прекъсване до отвесните скали, южно над река Арда. От изток крепостната стена стъпва върху основната скала. Южно от трапецовидната кула стената е удебелена. В началото ѝ е изграден дренажен отвор, осигуряващ отводняването на терена. След това следва участък с отвесни скали, където стена не е изграждана. Интересни са фортификационните съоръжения от юг. Тук в основата на скалния венец има пещера с две галерии, водещи към вътрешността на укрепената площ. Това е наложило изграждането на крепостен зид ниско между скалите, в които е оформен преливник. Тази стена и канарите от запад и изток оформят правоъгълно помещение пред пещерата, в която има естествен водоизточник, осигуряващ вода на обекта. Това обяснява липсата на щерна в защитената площ. Общата територия на укрепеното пространство е приблизително 10 дка. Основно място в укрепената площ заема комплекс от две сгради, изградени върху скална тераса, издигаща се значително над околния терен и заемаща приблизително централната част на крепостта. При проведените археологически проучвания е разкрита голяма, трикорабна, триапсидна църква без притвор . Църквата е базиликална сграда със скатен покрив, но скъсените и пропорции я доближават до църквите от преходния тип. Установено е, че сградата е построена върху останките от по- ранен християнски храм с подобен план. Сграда с близък план е съществувала и едновременно с най- ранната църква. Вероятно е тук да се е развивала представителна сграда, в която да е живяло духовното лице, което е служило в култовия център. Наблюденията върху откритите сгради и археологическата им среда позволяват да се предполага, че църквата на скалистия връх е била изградена в ранновизантийската епоха. Това строителство трябва да се свърже с успешната мисия на епископ Никета Ремесиански, довела до налагането на християнството сред планинското население на Родопите и следва да се постави в началото на V в. Мястото на християнския център не е избрано случайно. Долината на река Боровица е била едно от средищата на разпространение на мегалитни паметници. Множеството ниши, жертвеници и шарапани очертават неговата територия. Следва да се спомене, че скалните пукнатини под основите на църквата са били обект на култови действия- запълнени са с керамика от края на енеолита, бронзовата и ранната желязна епохи. Езическото свето място е било наследено от християнски храм. Възникнал и съществуващ във враждебна към новата религия среда, той е бил укрепен със здрава крепостна стена. Възможно е крепост да е имало и преди късноантичните стени. Стратегически важното място на кръстопътя от "Филипопол" към "Адрианопол" и на северозапад към високите части на Родопите е превърнало църквата в средище за утвърждаване и развитие на християнството в планината. Възможно е това да е една от все още нелокализираните ранновизантийски епископии в диоцеза на филипополския митрополит. Църковният център е продължил да съществува и през следващите векове. Вероятно в началото на IX в. е изградена втората църква, която е запазила базиликалния план. Възможно е дори да са извършени промени само в източната олтарна част, която поради близостта си до ръба на терасата да се е съборила. Последните преустройства следва да се отнесат след края на XII в. и вероятно са продиктувани от промяна в статуса на църковния център след учредяване на темата Ахридос. Тогава крепостта се превръща в стражева на пътя по долината на река Арда. Преустроената еднокорабна, едноапсидна църква със скатен покрив е много близка до църквата на Акропола на Перперикон. По това време тя е обслужвала населението на крепостта, под която са минали в 1206 г. кръстоносците от отряда, предвождани от Жофроа дьо Вилардуен.